如何解读肿瘤基因检测报告？
2024-05-14
1. 如何解读肿瘤基因检测报告？
我们以某基因检测公司的报告为例，通过报告解读来讲解基因检测报告中到底在说什么。 1、报告结构 报告从结构上可以分为很多个部分，首先是报告的基本信息，然后是用药提示这一部分，通过用药提示我们可以对整个报告所有的结果有一个认识，所有的重要结果都可以从用药提示里看到，然后用药提示分为两部分，一个是靶向用药提示，第二个是化疗用药提示。然后再下面的一部分是一个变异检测结果，意思就是说是在患者血液的ctDNA检测到的所有结果都在这里面，如果有基因拷贝数变异的话，它也在拷贝数变异检测结果里头。 再接下去的一页，是目前NCCN指南推荐的检查，我们把这些靶向药物和对应的基因检测结果整理出来，方便临床大夫看到结果。但实际上，我们检测的，要比这些列举的多很多。再后面的话就是靶向药物解析结果，其中这个又分成了很多个部分，首先第一个大表格提示敏感的靶向药物，接下来是提示耐药和无效的靶向药物。如果发现耐药的基因位点，会在这个表格里面写明。最后一部分，是研究结论不一致的靶向药物，这个是有的文献支持某个基因突变对靶向药物敏感，有的文献则不支持，对于这部分结果我们放到哪里。再后面是化疗药物解析，这一般会有2-3页。 最后面是报告的参考文献，即判断靶向药物的敏感和耐药所引用的参考文献，以及一些临床实验的列表。最后把我们检测的基因，以及我们检测所涉及的一些局限性也放到这里了。 图1 2、变异检测结果 如下图，我们可以看到这份报告的检测结果，总共有十二行。每一行代表一个基因的一种突变，最前面是基因的名字。第二列是基因的碱基改变，DNA的变化，第三列是氨基酸的改变，最后一列是突变频率，由于正常细胞也会裂解释放DNA，ctDNA里不只是肿瘤细胞的DNA，突变频率指的是检测到的肿瘤的突变占所有的DNA中这个基因位点的频率，突变频率越高，表明肿瘤细胞占的百分比就越大。 图2 在这个病人的样本，我们可以看到，第一行的EGFR基因的19外显子缺失突变，占到了51.9%，这个突变是个对靶向药物敏感的突变，在这里它还是存在的。理论上患者对特罗凯耐药了，为何它还存在，这个在第三行大家可以看到T790M存在，而且突变频率也很高，有32.5%，对于第一代和第二代耐药最常见的原因就是T790M，大约有50%是这个突变导致的耐药，好消息是刚批准的9291是可以控制T790M突变导致的耐药。但是这个患者也用了9291，但是耐药并且进展。大家往下看报告，可以看到EGFR基因的C797S，这个突变会导致T790M耐药，这个突变频率有18.4%，也是很高的。从这几个突变位点，可以部分解释了患者对目前靶向药物的不敏感的原因，另外我们还通过二代测序检测到了其他耐药原因，即患者在EGFR基因、HER2基因存在拷贝数扩增，从血液里检测出拷贝数扩增，这是很不容易的，一般检测到的是基因的点突变。同时存在EGFR和HER2扩增也是会导致患者对EGFR-TKI耐药。通过这么多不同原因，如T790M和C797S突变，EGFR、HER2扩增，我们可以大致了解患者究竟是什么原因导致了耐药，下一步我们就会希望了解，究竟是有什么样的治疗方案呢。 图3 对于其他的基因突变，如TP53，突变频率也很高有36.7%，或者第四行，RB1基因，突变频率有20.5%，这也是很高的。当然下面还有突变频率较为低的突变，但是这些并没有在第一页展示出来。这是因为虽然这些基因突变了，但是没有针对这些突变的靶向药物存在。所以，希望大家理解的是，虽然能找到基因突变，但是不是所有的基因突变有对应的靶向药物，即找到基因突变，并不是意味着一定会有对应的靶向药物，这是很重要的一点。 重复图2 如RB1基因是一个失活突变，这个基因失活会导致对帕博西林的耐药，但是由于帕博西林这个药并没有在FDA批准到肺癌里面，所以我们没有在报告里放这个，但是我们会在与患者沟通时阐释这个结果。大家看到ROS1、ALK基因也有突变，但是虽然有突变，但是这个突变没有在很重要的位置，不影响蛋白的功能，也不适合用对应的靶向药物进行治疗。一般而言，首先我们要把基因突变给检测出来，然后我们会判断这个基因突变是否影响了蛋白的功能。只有真正影响了基因的功能，失活或者持续活化，这样的情况下，靶向药物一般才能起到一定的抑制作用，也才能判断一个患者是不是适合用相对应的靶向药物。 3、用药提示 接下来我们回到靶向药物提示这里。在这里我们会标明推荐的靶向药物，不推荐的靶向药物，这里的推荐和不推荐的依据是基因的突变类型，如果是矛盾的结果，即有的文献提示敏感，有的文献提示耐药，则放到最后一列，即有争议的结果里面。我们可以看到EGFR的变异分为五行，第一行是最开始就有的19外显子缺失，第二行是T790M突变，第三行和第四行是导致T790M耐药的C797S突变，最后一行是EGFR的拷贝数扩增。从这里可以看到，虽然是同样的EGFR基因，不同的位点的突变对应的药物疗效是不一样的。如第一行的外显子19缺失是提示对吉非替尼等敏感，我们将其放入第四列。同样T790M突变，提示对吉非替尼等耐药，我们将其放入耐药的那一列。同理C797S突变，提示对T790M突变耐药。EGFR扩增也预示对应西妥昔单抗和帕尼单抗药物敏感，但是EGFR基因扩增对应吉非替尼等药物的疗效目前存在争议，有文献说EGFR扩增对于TKI药物仍旧是敏感的，但有的文献说二者没有关系，所以我们将其放入最后一列——研究结果存在争议。 图4 对于Her2拷贝数增加，有曲妥珠单抗，拉帕替尼等是有效的。但是根据文献来说，这些药物有的说有效，有的则报道无效，对于这些结果我们都放入研究结论不一致里面。 所以，我们一般会综合患者的基因检测结果，最后进行判断哪些药物是推荐的，哪些是不推荐的。所以大家可以从这里看出来，我们最终推荐的是西妥昔单抗和帕尼单抗。而对于正在用的9291并没有推荐，因为出现了耐药的突变，这与临床上的结果，即患者正在使用9291但是病情进展的结果是相一致的。 但是虽然我们推荐了西妥昔单抗和帕尼单抗，但是患者还存在Her2扩增，所以对于患者使用我们推荐的药物后，效果究竟怎样，也是不好说的。这种情况下，一般是根据患者之前的治疗经过，副反应等进行综合考虑，并跟患者沟通其治疗过程，再进行权衡判断。也是说到为何我们给患者推荐了西妥昔单抗，还是不敢肯定结果如何。就是因为患者的其他基因突变，即携带T790M和C797S突变的癌细胞对于西妥昔单抗是不敏感的。这也是靶向药物很大的一个缺陷，即只能杀灭一定靶点的癌细胞，对于其他的靶点它是无能为力的。 回到这个患者的情况，我们查文献发现，有患者同样是存在EGFR扩增和Her2扩增，这部分患者使用了西妥昔单抗加拉帕替尼后，有一定的效果。在这个研究中，有18个患者，3个部分缓解，9个患者疾病稳定，83%的临床获益。只是不同的是，那些患者没有EGFR的外显子19缺失，没有T790M突变，所以究竟患者使用了这些药物后效果如何，我们还没有这方面的报道。 如果患者的身体状态较好的情况下，还可以推荐使用化疗。说到化疗，我们在第二部分有个化疗药物的提示，对于化疗药物提示，我们推荐力度不像是靶向药物那么大。这里头有很主要的原因是，第一是化疗药物解析方面，能找到的疗效证据是来自于人群的研究。也就是说化疗药物的敏感性，是基于两个人群，如A人群的基因型是A，B人群的基因型是B，如果A人群的化疗药物效果好，就归纳为A型基因对化疗药物效果好，但这是人群的平均结果，如果是归纳到单个人上，这个支持力度就有限了。另外一个原因，靶向药物是反映肿瘤细胞的基因突变，而化疗药物是查的白细胞的基因多态性，对化疗药物敏感性的结果都是来自白细胞的突变。我们用正常细胞的基因突变去预测化疗药物作用于肿瘤细胞的疗效，这个指导意义是很受限的，但如果我们用正常细胞的基因突变去预测化疗药物的毒副作用，这个结果会好一些。即对于化疗药物的疗效，其实要根据临床实际来决定来的，即只有在有两种化疗药物供选择的情况下，再参考化疗药物毒副作用、敏感性结果。 图5 这个患者之前用过的化疗方案，如果效果很好情况下，可以尝试化疗。如何患者身体条件很好的情况下，可以做下化疗。这些化疗药物敏感性的检测结果要根据临床的肝肾功能、身体状况来决定的。最后小结，患者查到很多基因突变，但是很多基因突变没有靶向药物。在EGFR基因存在很多突变，突变类型很复杂，除了有外显子19之外，还有T790M，以及C797S。同时还有EGFR和Her2的扩增，这也可能是其对EGFR-TKI耐药的原因。经过这个综合检测、综合的分析后，我们认为患者适合的靶向药物是西妥昔单抗和拉帕替尼这样的治疗。如身体状态较好，可以进行化疗，即一种靶向药物并不能清除所有的癌细胞。这里把这个中间的逻辑尽可能讲清楚了，具体到某个突变使用某个药物，具体解析可见靶向药物解析那个表格里面，对于每个突变进行文献查找，最后进行综合分析。 图6 这个患者是2011年6月发现肺腺癌，发现时没有了手术机会，使用了标准的化疗方案，后来骨转移，做了放疗。后来发现EGFR的L858R突变，使用特罗凯效果很好。后面特罗凯耐药后使用2992，2个月后换用了特罗凯加卡博替尼，还是出现了进展，想通过基因检测看看为何是耐药了，寻找下一步的治疗方案。 图7 在变异检出的那一页，可以看到EGFR的突变是L858R，突变频率是2.4%，另外一个是TP53的错义突变，频率是1.8%。从患者的基因突变结果来看，只是找到了EGFR的突变，频率也不是很低。但是没有T790M、MET扩增、EGFR扩增等耐药的突变都没有检测到。由于患者之前的EGFR的敏感突变还存在，所以我们还是推荐患者使用EGFR-TKI这么一种药物。从这里也可以看出来，真正用药时还是要结合临床实际来的。 图8 但是患者已经是特罗凯耐药了，加184效果也不好，究竟是什么原因导致的耐药呢，我们查了很多文献，其实也没有查到真正耐药的原因。这种情况的概率是30-40%，即从基因突变的角度找不到耐药的原因。这里有个可能的原因是， 我们检测了52个基因，其他的没有包含在内的基因发生了突变，导致了耐药。由于这些突变目前没有对应的靶向药物，所以我们没有着重去检测他们。也有一种可能，即我们对EGFR耐药突变了解还不充分。即我们全球在EGFR基因耐药的认识还有一些偏差，所以有30-40%的病人是找不到耐药原因的。 图9 虽然找不到原因，从结果上看，由于敏感突变存在，所以患者还需要特罗凯去控制，即携带这些敏感突变的癌细胞可能具有很强的生长优势，如果不使用药物把他们给控制住，可能就会导致这部分癌细胞失控。另外一个，是患者使用阿法替尼，即希望去控制Her2扩增，效果不是很理想，可能患者体内没有Her2扩增，可能效果未必会比特罗凯好。现在加用卡博替尼，即针对MET扩增靶点并没有在基因检测中被检测到，可能这也并不是最合适的选择。但卡博替尼还有个VEGFR靶点，有一定抑制血管生成的作用，所以联用这两个靶向药物是有一定道理的。 对于这个报告，我们最想了解的是特罗凯加卡博替尼的治疗效果是不是很好，如果不是很理想，则可以使用抗血管生成抑制剂这样的药物。对于血管生成抑制剂药物，如果我们基因检测发现VEGFR扩增我们会给出提示，但没有DNA水平扩增，但是患者也可能是VEGFR高表达，如果这样使用抗血管生成药物会效果较好。我们比较了几种肺癌常用的血管生成抑制剂，一个是贝伐单抗，一个是凡德他尼，凡德他尼既有EGFR靶点还有VEGFR靶点，临床数据提示凡德他尼和化疗联用的数据也很不错，所以如果患者特罗凯和卡博替尼联用效果不好，倒是可以使用贝伐单抗。如果患者身体条件可以，也可以使用一段时间的化疗，看是否可以把敏感的和不敏感的癌细胞给清除掉。 对于这个案例总结是虽然患者对EGFR-TKI耐药，但是耐药机制不是T790M或MET扩增导致的，所以治疗上不能按照常规的一代耐药换二代，二代耐药换三代。应该考虑特罗凯加卡博替尼治疗效果，如果不是很理想，可以考虑使用贝伐单抗或凡德他尼这样的药物来治疗。如果身体准许条件下，可以进行化疗，即有研究表明化疗一段时间后，之前耐药的靶向药物可能会变得重新敏感。从这个案例可以看出，对于EGFR-TKI的耐药机制也不是100%的了解，对于一些案例可能很好地解释了什么药物合适，什么药物不合适。但是对于另外一些案例，可能查了半天，并不能给出很清晰的结论，用那种药物合适。要解决这个问题，我们能够做的也就是紧跟国内外的研究进展，如果有进展则纳入我们的知识体系当中，希望能解决越来越多的问题。这也是一个基因测序公司需要不断地查阅文献，累积相应的数据库。 编者：id4hehe 关注我们：搜索微信公众号“癌度”，了解更多关于肿瘤和基因的资讯。 转载文章请注明来源公众号及作者
2. 如何解读肿瘤基因检测报告
我们以某基因检测公司的报告为例，通过报告解读来讲解基因检测报告中到底在说什么。 1、报告结构 报告从结构上可以分为很多个部分，首先是报告的基本信息，然后是用药提示这一部分，通过用药提示我们可以对整个报告所有的结果有一个认识，所有的重要结果都可以从用药提示里看到，然后用药提示分为两部分，一个是靶向用药提示，第二个是化疗用药提示。然后再下面的一部分是一个变异检测结果，意思就是说是在患者血液的ctDNA检测到的所有结果都在这里面，如果有基因拷贝数变异的话，它也在拷贝数变异检测结果里头。 再接下去的一页，是目前NCCN指南推荐的检查，我们把这些靶向药物和对应的基因检测结果整理出来，方便临床大夫看到结果。但实际上，我们检测的，要比这些列举的多很多。再后面的话就是靶向药物解析结果，其中这个又分成了很多个部分，首先第一个大表格提示敏感的靶向药物，接下来是提示耐药和无效的靶向药物。如果发现耐药的基因位点，会在这个表格里面写明。最后一部分，是研究结论不一致的靶向药物，这个是有的文献支持某个基因突变对靶向药物敏感，有的文献则不支持，对于这部分结果我们放到哪里。再后面是化疗药物解析，这一般会有2-3页。 最后面是报告的参考文献，即判断靶向药物的敏感和耐药所引用的参考文献，以及一些临床实验的列表。最后把我们检测的基因，以及我们检测所涉及的一些局限性也放到这里了。 图1 2、变异检测结果 如下图，我们可以看到这份报告的检测结果，总共有十二行。每一行代表一个基因的一种突变，最前面是基因的名字。第二列是基因的碱基改变，DNA的变化，第三列是氨基酸的改变，最后一列是突变频率，由于正常细胞也会裂解释放DNA，ctDNA里不只是肿瘤细胞的DNA，突变频率指的是检测到的肿瘤的突变占所有的DNA中这个基因位点的频率，突变频率越高，表明肿瘤细胞占的百分比就越大。 图2 在这个病人的样本，我们可以看到，第一行的EGFR基因的19外显子缺失突变，占到了51.9%，这个突变是个对靶向药物敏感的突变，在这里它还是存在的。理论上患者对特罗凯耐药了，为何它还存在，这个在第三行大家可以看到T790M存在，而且突变频率也很高，有32.5%，对于第一代和第二代耐药最常见的原因就是T790M，大约有50%是这个突变导致的耐药，好消息是刚批准的9291是可以控制T790M突变导致的耐药。但是这个患者也用了9291，但是耐药并且进展。大家往下看报告，可以看到EGFR基因的C797S，这个突变会导致T790M耐药，这个突变频率有18.4%，也是很高的。从这几个突变位点，可以部分解释了患者对目前靶向药物的不敏感的原因，另外我们还通过二代测序检测到了其他耐药原因，即患者在EGFR基因、HER2基因存在拷贝数扩增，从血液里检测出拷贝数扩增，这是很不容易的，一般检测到的是基因的点突变。同时存在EGFR和HER2扩增也是会导致患者对EGFR-TKI耐药。通过这么多不同原因，如T790M和C797S突变，EGFR、HER2扩增，我们可以大致了解患者究竟是什么原因导致了耐药，下一步我们就会希望了解，究竟是有什么样的治疗方案呢。 图3 对于其他的基因突变，如TP53，突变频率也很高有36.7%，或者第四行，RB1基因，突变频率有20.5%，这也是很高的。当然下面还有突变频率较为低的突变，但是这些并没有在第一页展示出来。这是因为虽然这些基因突变了，但是没有针对这些突变的靶向药物存在。所以，希望大家理解的是，虽然能找到基因突变，但是不是所有的基因突变有对应的靶向药物，即找到基因突变，并不是意味着一定会有对应的靶向药物，这是很重要的一点。 重复图2 如RB1基因是一个失活突变，这个基因失活会导致对帕博西林的耐药，但是由于帕博西林这个药并没有在FDA批准到肺癌里面，所以我们没有在报告里放这个，但是我们会在与患者沟通时阐释这个结果。大家看到ROS1、ALK基因也有突变，但是虽然有突变，但是这个突变没有在很重要的位置，不影响蛋白的功能，也不适合用对应的靶向药物进行治疗。一般而言，首先我们要把基因突变给检测出来，然后我们会判断这个基因突变是否影响了蛋白的功能。只有真正影响了基因的功能，失活或者持续活化，这样的情况下，靶向药物一般才能起到一定的抑制作用，也才能判断一个患者是不是适合用相对应的靶向药物。 3、用药提示 接下来我们回到靶向药物提示这里。在这里我们会标明推荐的靶向药物，不推荐的靶向药物，这里的推荐和不推荐的依据是基因的突变类型，如果是矛盾的结果，即有的文献提示敏感，有的文献提示耐药，则放到最后一列，即有争议的结果里面。我们可以看到EGFR的变异分为五行，第一行是最开始就有的19外显子缺失，第二行是T790M突变，第三行和第四行是导致T790M耐药的C797S突变，最后一行是EGFR的拷贝数扩增。从这里可以看到，虽然是同样的EGFR基因，不同的位点的突变对应的药物疗效是不一样的。如第一行的外显子19缺失是提示对吉非替尼等敏感，我们将其放入第四列。同样T790M突变，提示对吉非替尼等耐药，我们将其放入耐药的那一列。同理C797S突变，提示对T790M突变耐药。EGFR扩增也预示对应西妥昔单抗和帕尼单抗药物敏感，但是EGFR基因扩增对应吉非替尼等药物的疗效目前存在争议，有文献说EGFR扩增对于TKI药物仍旧是敏感的，但有的文献说二者没有关系，所以我们将其放入最后一列——研究结果存在争议。 图4 对于Her2拷贝数增加，有曲妥珠单抗，拉帕替尼等是有效的。但是根据文献来说，这些药物有的说有效，有的则报道无效，对于这些结果我们都放入研究结论不一致里面。 所以，我们一般会综合患者的基因检测结果，最后进行判断哪些药物是推荐的，哪些是不推荐的。所以大家可以从这里看出来，我们最终推荐的是西妥昔单抗和帕尼单抗。而对于正在用的9291并没有推荐，因为出现了耐药的突变，这与临床上的结果，即患者正在使用9291但是病情进展的结果是相一致的。 但是虽然我们推荐了西妥昔单抗和帕尼单抗，但是患者还存在Her2扩增，所以对于患者使用我们推荐的药物后，效果究竟怎样，也是不好说的。这种情况下，一般是根据患者之前的治疗经过，副反应等进行综合考虑，并跟患者沟通其治疗过程，再进行权衡判断。也是说到为何我们给患者推荐了西妥昔单抗，还是不敢肯定结果如何。就是因为患者的其他基因突变，即携带T790M和C797S突变的癌细胞对于西妥昔单抗是不敏感的。这也是靶向药物很大的一个缺陷，即只能杀灭一定靶点的癌细胞，对于其他的靶点它是无能为力的。 回到这个患者的情况，我们查文献发现，有患者同样是存在EGFR扩增和Her2扩增，这部分患者使用了西妥昔单抗加拉帕替尼后，有一定的效果。在这个研究中，有18个患者，3个部分缓解，9个患者疾病稳定，83%的临床获益。只是不同的是，那些患者没有EGFR的外显子19缺失，没有T790M突变，所以究竟患者使用了这些药物后效果如何，我们还没有这方面的报道。 如果患者的身体状态较好的情况下，还可以推荐使用化疗。说到化疗，我们在第二部分有个化疗药物的提示，对于化疗药物提示，我们推荐力度不像是靶向药物那么大。这里头有很主要的原因是，第一是化疗药物解析方面，能找到的疗效证据是来自于人群的研究。也就是说化疗药物的敏感性，是基于两个人群，如A人群的基因型是A，B人群的基因型是B，如果A人群的化疗药物效果好，就归纳为A型基因对化疗药物效果好，但这是人群的平均结果，如果是归纳到单个人上，这个支持力度就有限了。另外一个原因，靶向药物是反映肿瘤细胞的基因突变，而化疗药物是查的白细胞的基因多态性，对化疗药物敏感性的结果都是来自白细胞的突变。我们用正常细胞的基因突变去预测化疗药物作用于肿瘤细胞的疗效，这个指导意义是很受限的，但如果我们用正常细胞的基因突变去预测化疗药物的毒副作用，这个结果会好一些。即对于化疗药物的疗效，其实要根据临床实际来决定来的，即只有在有两种化疗药物供选择的情况下，再参考化疗药物毒副作用、敏感性结果。 图5 这个患者之前用过的化疗方案，如果效果很好情况下，可以尝试化疗。如何患者身体条件很好的情况下，可以做下化疗。这些化疗药物敏感性的检测结果要根据临床的肝肾功能、身体状况来决定的。最后小结，患者查到很多基因突变，但是很多基因突变没有靶向药物。在EGFR基因存在很多突变，突变类型很复杂，除了有外显子19之外，还有T790M，以及C797S。同时还有EGFR和Her2的扩增，这也可能是其对EGFR-TKI耐药的原因。经过这个综合检测、综合的分析后，我们认为患者适合的靶向药物是西妥昔单抗和拉帕替尼这样的治疗。如身体状态较好，可以进行化疗，即一种靶向药物并不能清除所有的癌细胞。这里把这个中间的逻辑尽可能讲清楚了，具体到某个突变使用某个药物，具体解析可见靶向药物解析那个表格里面，对于每个突变进行文献查找，最后进行综合分析。 图6 这个患者是2011年6月发现肺腺癌，发现时没有了手术机会，使用了标准的化疗方案，后来骨转移，做了放疗。后来发现EGFR的L858R突变，使用特罗凯效果很好。后面特罗凯耐药后使用2992，2个月后换用了特罗凯加卡博替尼，还是出现了进展，想通过基因检测看看为何是耐药了，寻找下一步的治疗方案。 图7 在变异检出的那一页，可以看到EGFR的突变是L858R，突变频率是2.4%，另外一个是TP53的错义突变，频率是1.8%。从患者的基因突变结果来看，只是找到了EGFR的突变，频率也不是很低。但是没有T790M、MET扩增、EGFR扩增等耐药的突变都没有检测到。由于患者之前的EGFR的敏感突变还存在，所以我们还是推荐患者使用EGFR-TKI这么一种药物。从这里也可以看出来，真正用药时还是要结合临床实际来的。 图8 但是患者已经是特罗凯耐药了，加184效果也不好，究竟是什么原因导致的耐药呢，我们查了很多文献，其实也没有查到真正耐药的原因。这种情况的概率是30-40%，即从基因突变的角度找不到耐药的原因。这里有个可能的原因是， 我们检测了52个基因，其他的没有包含在内的基因发生了突变，导致了耐药。由于这些突变目前没有对应的靶向药物，所以我们没有着重去检测他们。也有一种可能，即我们对EGFR耐药突变了解还不充分。即我们全球在EGFR基因耐药的认识还有一些偏差，所以有30-40%的病人是找不到耐药原因的。 图9 虽然找不到原因，从结果上看，由于敏感突变存在，所以患者还需要特罗凯去控制，即携带这些敏感突变的癌细胞可能具有很强的生长优势，如果不使用药物把他们给控制住，可能就会导致这部分癌细胞失控。另外一个，是患者使用阿法替尼，即希望去控制Her2扩增，效果不是很理想，可能患者体内没有Her2扩增，可能效果未必会比特罗凯好。现在加用卡博替尼，即针对MET扩增靶点并没有在基因检测中被检测到，可能这也并不是最合适的选择。但卡博替尼还有个VEGFR靶点，有一定抑制血管生成的作用，所以联用这两个靶向药物是有一定道理的。 对于这个报告，我们最想了解的是特罗凯加卡博替尼的治疗效果是不是很好，如果不是很理想，则可以使用抗血管生成抑制剂这样的药物。对于血管生成抑制剂药物，如果我们基因检测发现VEGFR扩增我们会给出提示，但没有DNA水平扩增，但是患者也可能是VEGFR高表达，如果这样使用抗血管生成药物会效果较好。我们比较了几种肺癌常用的血管生成抑制剂，一个是贝伐单抗，一个是凡德他尼，凡德他尼既有EGFR靶点还有VEGFR靶点，临床数据提示凡德他尼和化疗联用的数据也很不错，所以如果患者特罗凯和卡博替尼联用效果不好，倒是可以使用贝伐单抗。如果患者身体条件可以，也可以使用一段时间的化疗，看是否可以把敏感的和不敏感的癌细胞给清除掉。 对于这个案例总结是虽然患者对EGFR-TKI耐药，但是耐药机制不是T790M或MET扩增导致的，所以治疗上不能按照常规的一代耐药换二代，二代耐药换三代。应该考虑特罗凯加卡博替尼治疗效果，如果不是很理想，可以考虑使用贝伐单抗或凡德他尼这样的药物来治疗。如果身体准许条件下，可以进行化疗，即有研究表明化疗一段时间后，之前耐药的靶向药物可能会变得重新敏感。从这个案例可以看出，对于EGFR-TKI的耐药机制也不是100%的了解，对于一些案例可能很好地解释了什么药物合适，什么药物不合适。但是对于另外一些案例，可能查了半天，并不能给出很清晰的结论，用那种药物合适。要解决这个问题，我们能够做的也就是紧跟国内外的研究进展，如果有进展则纳入我们的知识体系当中，希望能解决越来越多的问题。这也是一个基因测序公司需要不断地查阅文献，累积相应的数据库。 编者：id4hehe 关注我们：搜索微信公众号“癌度”，了解更多关于肿瘤和基因的资讯。 转载文章请注明来源公众号及作者
3. 肺癌诊断+基因检测 有助精准用药
癌症治疗迈入新纪元，随着基因定序技术的进步，医师在帮病人诊断时，会针对肿瘤同时检测病理型态别及肿瘤基因，可提升精准用药 。台中荣民总医院胸腔内科主治医师兼任整合癌症中心主任张基晟指出，透过基因检测，可提供晚期肺腺癌个人化医疗，让病人活得更久，活得有尊严、生活有品质。 台中荣总肺癌研究团队发现，与抽菸有关的小细胞肺癌在所有肺癌所占的比率逐年下降，目前仅约一成二，反观非小细胞肺癌人数则逐年增加。 张基晟医师表示，许多人将抽菸与肺癌之间划上等号，其实在肺癌患者中，菸龄超过三十年的老菸枪，不到两成。每年新增女性肺癌患者约四千多人，其中九成五并未抽菸，而男性肺癌病人中，从不抽菸者也占了三分之一。 台中荣总肺癌研究团队发现，与抽菸有关的小细胞肺癌在所有肺癌所占的比率逐年下降，目前仅约一成二，反观非小细胞肺癌人数则逐年增加。 张基晟说，在非小细胞肺癌中，以肺腺癌为主，男性约占四至五成，女性则达到七成，其次是与抽菸相关的鳞状上皮癌，男性占两成五至两成八之间，逐年在下降中，至于未分化癌，过去约占近两成，随着检验技术的精进，比率则明显下降。 「肺癌型别可作为治疗的重要参考」张基晟表示，台大校长杨泮池多年来积极推广肺癌基因检测，希望透过肺癌不同基因型别与临床及流行病学结合，让台湾可以解决目前以非抽菸为主的肺癌窘境，同时可以帮忙世界其他有类似状况的国家了解不抽菸的肺癌问题所在。
4. 肿瘤靶向治疗前有几种方法进行细胞基因检测
化疗是利用化学药物杀死肿瘤细胞、抑制肿瘤细胞的生长繁殖和促进肿瘤细胞的分化的一种治疗方式，它是一种全身性治疗手段对原发灶、转移灶和亚临床转移灶均有治疗作用。 化疗药物依据它们的作用机制分为几大类： 1、烷化剂：烷化剂直接作用于DNA上，防止癌细胞再生。此类药物对慢性白血病、恶性淋巴瘤、何杰金氏病、多发性骨髓瘤、肺癌、乳腺癌和卵巢癌具有疗效。烷化剂主要有白消安、顺氯氨铂、环磷酰胺(癌得星)、氮烯咪胺、异环磷酰胺、二氯甲二乙胺(盐酸氮芥)和苯丙氨酸氮芥。 2、抗代谢药：抗代谢药干扰DNA和RNA的合成，用于治疗慢性白血病、乳腺癌、卵巢癌、胃癌和结直肠癌。抗代谢药主要有5-氟脲嘧啶、甲氨蝶呤、阿糖胞苷和环胞苷。 3、抗肿瘤抗生素：抗肿瘤抗生素通过抑制酶的作用和有丝分裂或改变细胞膜来干扰DNA。抗肿瘤抗生素为细胞周期非特异性药物，广泛用于对癌症的治疗。抗肿瘤抗生素主要有博来霉素、更生霉素、红必霉素、阿霉素和黄胆素。 4、植物类抗癌药：植物类抗癌药都是植物碱和天然产品，它们可以抑制有丝分裂或酶的作用，从而防止细胞再生必需的蛋白质合成。植物类抗癌药常与其它抗癌药合用于多种癌瘤的治疗。植物类抗癌药主要有长春碱、长春新碱、三尖杉酯碱、足叶乙甙和威蒙。 5、杂类：另外一些化疗药物具有不同的作用机制，不属于上面几类。其中包括门冬酰胺酶和维甲酸。 6、激素：皮质类固醇激素用于治疗淋巴瘤、白血病和多发性骨髓瘤等癌症。当激素用于杀死癌细胞或减缓癌细胞生长时，可以把它们看成化疗药物。皮质类固醇激素有强的松和氟美松。性激素用于减缓乳腺癌、前列腺癌和子宫内膜癌的生长。它包括雌激素、抗雌激素、黄体酮和男性激素。性激素的作用方式不同于细胞毒素药物，属于特殊的化疗范畴。 7、免疫制剂：免疫制剂可以刺激癌症病人的免疫系统更有效地识别和攻击癌细胞。它们属于特殊的化疗范畴。 化疗对人体的伤害是非常大的，化疗药物并不能识别正常细胞和癌细胞的区别，化疗清除正在高速复制分裂的癌细胞的同时，对正常细胞也会产生影响，区别与化疗，靶向治疗具有明显的优势，靶向治疗可以消灭癌细胞，但是对正常细胞的影响是非常小的
5. 癌患精准治疗新选择 癌症基因检测找新药
癌症基因检测为治疗无效癌患找一线生机
个人化基因检测 从400多种癌症基因精准找药
癌症精准治疗有了新进展! 癌症患者若产生基因突变导致常规用药无效，可以透过个人化癌症基因检测，依肿瘤基因突变找寻适合的癌症药物。国内已有基因检测机构，可以从肿瘤检体完整萃取出高纯度肿瘤DNA后，透过次世代定序技术(Next Generation Sequencing，NGS)依据400多个癌症基因的生长网络，精密搜寻各种基因的突变型态，从亚洲人及国际大型癌症药物资料库中系统比对分析，挑选出台湾患者适用的癌症药物。
反复化疗及手术无效 大肠癌末期患者苦不堪言
一位38岁的嘉义果农沈先生，某日忽感腹胀恶心，以为是肠胃型感冒，到诊所就医治疗三个月未见好转，在妻子陪同下改到天主教圣马尔定医院看诊，经详细检查发现肿瘤已塞满大肠，并疑似转移到肝脏，最后确诊罹患大肠癌末期。在历经两次大手术切除大肠及肝脏肿瘤后，陆续接受12次的化疗跟标靶疗程，虽然每月定期回诊追踪，却仍在术后两年发现复发胰脏肿瘤，只好再度接受手术切除。折腾的治疗过程让沈先生感到失望而且苦不堪言，期待切除肿瘤后能改用更有效的药物，避免持续复发影响生活品质。
医病共同讨论 癌症基因检测找一线生机
跟多数病患一样，沈先生自己上网搜寻资讯，也不断跟亲朋好友打听「什么方式可以选到比较有效的用药?」，但仍无法自行判断，于是在家人鼓励下，主动与圣马尔定血液肿瘤科林静怡医师及个管师讨论，得知透过癌症基因检测有机会找到更多药物选择，虽然此种方式目前仍有自费治疗、临床实证不足、部分药物难以取得，以及部分患者肿瘤成因特殊，导致检测无结果等诸项限制，但为找到精准药物的强烈动机，让他与家人讨论一天后就决定接受检测。
癌症基因检测 治疗无效癌患新选择
林静怡医师表示，沈先生因有KRAS基因突变，限缩了可用的标靶药物种类，为扩大药物选择，安排440个癌症基因的突变检测，查出是PI3K-mTOR肿瘤讯息传递路径发生基因突变，顺利找到双标靶药物，最后跟医院专业团队配合治疗后，有效控制住病情。
癌症基因检测技术揭露了更真实的癌细胞样貌，提供治疗瓶颈新方向，满足患者找药需求。圣马尔定医院血液肿瘤科暨癌症防治中心主任萧士铨医师也提醒，癌症患者千万别轻易放弃治疗，同时家属的鼓励关怀，更是癌症患者接受积极治疗的一大动力，建议患者应把握黄金治疗期，及早接受检测，找寻新的一线生机。
加入【】，天天关注您健康！LINE＠ ID：@ 订阅【健康爱乐活】影音频道，阅读健康知识更轻松 ： /beauty/article/39479 关键字：林静怡医师, 萧士铨医师, 肿瘤基因突变, 癌症基因检测, 精准找药, 次世代定序技术
6. 癌症的基因检测与精准治疗
许多病人感念助其起死回生的医生，都会赠与「华陀再世」 匾额。每个人心目中神医的标准，应该是用药神准的医生。为何华佗是华人心目中永远的神医呢？ 东汉末年，两名官员倪寻、李延同时来找华佗就诊，两人都是头痛发烧，病痛症状完全相同，华佗却说：「倪寻该用泻药治疗，李延当用发汗药来驱病。」当时有许多人对此提出疑问，华佗回答说：「两位官员发生疾病的原因截然不同，同病异治，所以治疗应用不同的方法。」 华佗马上分别给两人服药，第二天一大早两人一同病好起床了。后世皆谓只要医疗精准、用药如神之医者，就会被尊称「神医」。 癌症医疗三纪元 当年华佗精准医疗治病的概念，更在现代癌症治疗中发光发热。过去癌症用“one size fits all”概念来医疗，依靠过去临床数据给予的经验疗法，同类疾病、相同癌症期数，都给同一套治疗，第一线给A药，失败后则二线给B药。 后来的热点「基因检测」，带动了「标靶治疗」的新纪元，根据病患是否含有特定驱动基因突变，决定是否给予相对应药物。找到该标靶药物之对的病患（Mr. Right）出来，才会投与该药物，例如肺腺癌有EGFR突变，才给予EGFR标靶药；至于那些不属于EGFR药物「对的人」，则全当作另一类病人，打入化疗之列，对这群没有热点基因突变者，只能哀怨以对，丝毫无对症下药的感觉。 近来拜基因检测技术大跃进，「精准医疗」可以相较过去更全面分析个别癌症病患基因变异的相互关系，透过生物信息与临床数据的综合分析，「精准医疗」可以提供癌症病患除了临床检查以外的更多肿瘤生物行为的资讯，帮助病患与医疗团队更能全面掌握自身癌症的进展与预后方向。正所谓「知己知彼、百战百胜」，对抗癌症的当下，难道不用像运动竞赛的规格一样，全盘收集敌军军情后正确解读，这应该是克敌制胜的首要要务吧！ 「精准医疗」也能提供医师更为广泛的医疗选项，俾使病患有机会在正确时机给予适合他个人的用药选择。过去标靶治疗时代我们积极替药找合适的病人，现在精准医疗大时代则应该是替每一个病人尽可能找到对的药。此外不但经由高阶、先进国家官方核准之检测平台，让特定药物的使用能够找到更有效的族群，例如Talazoparib要经过BRACAnalysis CDx伴随式诊断平台确诊为BRCA胚系突变患者，方可使用；精准医疗也可以让病患免受「以身试药」之苦、过度或不足医疗之憾，例如Oncotype DX帮助早期乳癌评估复发风险，以决定是否需要术后辅助性化疗。某些遗传基因检测也让病患及家属有机会针对「先天抗癌机制缺陷」，进行更早期的介入医疗与癌症预防。 目前医院在治疗癌症前确实也会做部分基因检测，然而在台湾可能因为基因检测技术门槛甚高、生物讯息分析能力不足、相关法令规章制度不完善以及国家医疗政策方向不明等原因，所以目前医院提供的基因检测，大多还是药物导向型的基因检测，勉强说来还停滞在前面所述的「标靶治疗」的时代，仅提供替药找合适病人的平台，而不是「精准医疗」时代的替每个病人尽可能找到对的药，这对于特定药物不合适的台湾患者，确实有些失望。 案例分享 江小姐，今年50岁，20多年前远从江西嫁到台湾，去年7月在老家因腹痛开刀诊断出子宫内膜癌3期，回台接受后续治疗。入台检查发现术后癌症竟快速扩散至周遭淋巴结及肺。无奈之余，接受化疗2线，都成效不佳，导致肿瘤压迫脊椎，不良于行。经过再次肿瘤取样，将检体送到国外基因检测平台，竟然发现肿瘤细胞含有DNA错误配对修补机制缺失，导致其微小卫星体的不稳定性（MSI）。有此情形，若又有早发性大肠癌家族史，医学上还会进行遗传基因检测排除Lynch症候群，其实，她确实有几位近亲先后罹患大肠癌。而确定为Lynch症候群者，无论其罹患何种类型癌，均有50％的可能将这一突变传递给其子代。所以会推荐对家庭成员进行基因检测。 MSI会导致肿瘤基因突变的积累，让肿瘤能够从免疫治疗中获得改善，而美国FDA于2017年通过免疫疗法可以治疗用于特定生物标记MSI阳性患者，这是FDA第一次基于符合特定生物标记、而非过去基于癌症组织起源作为药品适应症。也就是异病同治的概念，即便不同癌症，也可能因为带有相同的基因突变，而有机会跨癌别找到更多治疗选择。再加上江小姐检测结果显示突变负荷呈现高TMB状态，以及高PD-L1水平，种种生物资讯都明确预测其会大大受益于免疫治疗。 再者，她的基因检测结果也显示同时有mTOR基因异常表现，这是一种子宫内膜癌不算少见的基因变异，只是现今临床工具不易察觉出来。而相同癌症的病患，可能因为带有不同基因突变，而需要选择不同于现今制式化的药物进行治疗。于是肾癌标靶药物同时用在江小姐身上。 虽然江小姐在治疗上医师已至「黔驴技穷」了，但有了精准医疗检测神来一笔之助，不但拨云见日，获得更多有关过去模式所无法得到的病情情报，充足的敌情剖析，使用免疫与标靶的联合疗法，果真病情快速转趋乐观，更让家人遗传癌症潜在风险因此而被检测出来。 如何选择一个有品质的精准医疗检测服务？ 大家应该有同样的经验，看似厨房干净的餐厅，不一定卫生条件就是合规的！ 台湾目前基因检测品牌选择很多，检测品质攸关着是否有机会找到更多的治疗选项、是否可以提早发现癌细胞的突变，适时给予有效的治疗，提高疾病治愈的机会。 1.具有国际认证核准： 国际认证核准的基因检测技术，才可以提供可信度高的分析结果。 2.技术经过分析验证： 检测的技术及结果除了通过国际认证核准外，同时也需要经过分析验证。 3.资讯更新快速与世界同步： 才可以确保提供的检测结果及对应用药是最新的资讯。 4.检测方法必须全面完整： 可侦测较完整与癌症相关的基因，并能涵盖各种不同的基因突变型态检测，有机会能找到更多治疗的可能性。 临床上精准医疗检测对于哪些特定族群有帮助？ 1.第四期非小细胞肺癌： 广泛基因检测平台除了检测出EGFR、ALK基因就能确保治疗有效，还包含其他尚有药物治疗的罕见基因、免疫治疗相关指标。另外组织搭配液态切片完整检测，能帮助患者从抗药性找出致胜关键。 2.罕见或不常见癌症： 例如分泌型乳癌，有TRK融合基因突变的高度表现，且目前已有有效药物。 3.病况晚期，且现今治疗指南所能提供治疗建议趋近于没有： 如前述案例分享，江女士。 4.高度侵犯性、抗药性的癌症： 如非精原细胞瘤反复治疗失败者，就应该进行DNA错误配对修补机制缺失相关基因的检测。 5.原发位置未明癌症： 精准医疗检测可以预测大多数原发位置未明癌症患者的原发组织。 6.检体组织不足情况： 当此情况出现时，更应该进行广泛性基因检测，让少量检体的癌症患者其生物资讯尽可能一次全面到位，更不应该消耗于多次数的传统单基因分析。 当今癌症治疗中不可或缺的重要一环 精准医疗只是一个工具既不是癌症患者的大救星，也不是大膨风。癌症的完整资讯还是要靠自己与有品质的基因检测平台共同蒐集。有了这些情报，专业精准医疗专家若能解读与用法得当，还真有机会化腐朽为神奇。 文／陈骏逸 卫生福利部台中医院血液肿瘤科医师 ※本文授权自台湾癌症基金会，原文见此。
7. 癌症治疗提升存活率 标靶用药基因检测服务上线
癌症，透过基因检测与人工智慧等技术，提供精准治疗，有希望成为可控制的慢性病！台北荣总宣布癌症标靶用药检测服务正式上线，各类癌症患者及临床医师，皆可透过此工具来了解当前最适合的用药，增加癌症治疗的选择，并提升存活率，是癌症患者一大福音！ 台北荣总与生医业者启动「国人癌症标靶用药基因检测自制试剂暨临床检测服务」捐赠按钮。（图片提供／台北荣总医院） 精准医疗可望让癌症病患5年存活率大幅提升 台北荣总院长张德明指出，此次上线的三项基因检测服务，分别针对大肠直肠癌标靶药物、非小细胞肺癌标靶药物，以及全面性癌症标靶药物，精准医疗可望让癌症病患5年存活率大幅提升。 科技部苏芳庆次表致词时表示，生技医药、智慧机械等项是 *** 积极推动五加二产业创新计画，北荣丽宝今天发表的『国人癌症标靶用药基因检测自制试剂』，象征台湾人的骄傲，也是 *** 五加二产业创新计画的成果。 癌症一直高居国人十大死因之首 卫生褔利部王宗曦主任秘书指出，癌症一直高居国人十大死因之首，以肺癌及肝癌续居前二位。依据卫褔部105年死因统计分析，癌症死亡人数为4万7760人，占所有死亡人数的27.7%，标准化死亡率每十万人口126.8人，已较95年下降8%。 为降低国人癌症死亡率，在2006年提出国家癌症防治计画，并于2010年开始投入大型癌症研究，补助台北荣总、台大医院、林口长庚纪念医院、中国附医等7家医学中心，鼓励建立分子检测认证实验室，提供血癌、乳癌及大肠直肠癌等患者进一步的基因及病理检测，期能结合预防、预测、个人化、及病患参与的P4精准医疗（Preventive, Predictive, Personalized, and Participatory），发展癌症治疗与预防方式，有效降低癌症的死亡率。 台北荣总与生医业者于2012年共同成立「癌症基因体医学实验室」，计画以次世代高通量基因定序技术，做为个人化癌症基因伴随式诊断的平台，提供癌症患者精准医疗服务。 免费提供100位大肠直肠癌标靶药物基因检测服务 产学合作计画主持人病理检验部主任周德盈表示，随着个人化基因检测的快速进展，若能于治疗前取得病患癌细胞特有的「生物标记」基因资讯，将可协助医师选择最适当之标靶用药，把握宝贵的黄金治疗时间，避免使用无效的治疗方式，且能提供未来换药需求之完整资讯，甚至可做为预后复发风险的参考。 此次共免费提供100位「大肠直肠癌标靶药物基因检测 CRC Panel、非小细胞肺癌标靶药物基因检测 NSCLC Panel、全面性癌症标靶药物基因检测 Comprehensive Panel」基因检测服务。此项捐赠的对象及相关流程，请洽免费服务电话：0800-081-555。
8. 靶向药种类繁多，该如何选择？基因检测是否必须要做？医生回答了
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